Como pasar un BD Mysql de un servidor a otro sin problemas

Hola, hoy me disponía a pasar una BD que está en mysql 5.1 corriendo sobre windows con latin1, esto es porque es una base de datos de consulta bilbiotecaria, y necesito de las tildes y las eñes, ejecute un backup normal y cuando inicie mi querido Ubuntu y restauré la BD, no me reconoció ni las tildes ni las eñes, sin dudarlo pense en que era por cuestiones de Collation y charset. Intenté arreglarlo manualmente pero nada.

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